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安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校现有28个本科专业，6个国家级一流本科专业建设点，10个省级一流专业建设点，8门国家级一流本科课程。有3个一级学科及1个专业学位类别（领域）博士学位授权点，6个一级学科及4个专业学位类别（领域）硕士学位授权点。有安徽省Ⅱ类、Ⅲ类高峰学科各1个，安徽省学科建设重大项目2个，国家中医药管理局重点学科17个，安徽省A类重点学科1个，安徽省B类重点学科12个。有国家临床重点专科9个，国家中医药管理局重点专科32个。